Bazı siyasi partiler ve sivil toplum kuruluşları "üniversitenin asılsız iddialarla yıpratılmaya çalışıldığı"nı belirterek, bu duruma tepki gösterdiler.
CHP, DSP, SHP, İP, DİSK, MAKSAD, Mahalle ve Köy Muhtarları Derneği, Çağdaş İşadamları Derneği, TEMAD, Atalar Köyü Dayanışma ve Kültür Derneği ile Atatürkçü Düşünce Derneği başkan ya da yöneticilerinin imzasıyla yapılan ortak açıklamada şöyle denildi:
"İnönü Üniversitesinin varlığı, kentimiz için önemli bir şanstır. Yalnızca Üniversite ile doğrudan ilişkisi olanlar değil, tüm Malatya halkı bunun bilincindedir. Yine tüm kenttaşlarımız ya doğrudan Üniversite eliyle sunulan hizmetlerden yararlanmakta (çocuğunu güvenli ve kaliteli bir yükseköğretim kurumunda okutmak, sağlık hizmeti almak gibi) ya bu kurumda çalışarak geçimini sağlamakta ya da Üniversitenin Malatyaya sağladığı toplumsal ve ekonomik olanaklardan yararlanmaktadır.
Bütün bunlardan önemlisi de İnönü Üniversitenin varlığı ile Malatya, evrensel bilime katkıda bulunan bir bilim yuvasına ev sahipliği yapma şansı elde etmiştir. Malatyanın kent olarak, Üniversiteye sağlayacağı tüm olanaklar, Türkiyede ve dünyada bilimin gelişmesine, insanlığın gönenç içinde yaşama yollarının geliştirilmesi sürecine, aydınlanmaya katkıda bulunacaktır. Böylece insanlığın uygarlık adımlarında Malatyanın da önemli katkıları olacaktır. Biz biliyoruz ki tüm aydın, dünyayı akıl ve gönül gözüyle gören kenttaşlarımız, yöneticilerimiz ve siyasetçilerimiz bunun bilincindedir.
Ancak görülmektedir ki bunun bilincinde olmayan kimi siyasi çevreler Malatyamızın değerli Üniversitesi üzerinde birtakım oyunlar oynamaktadır. Üniversite ve üniversite yönetimlerine son günlerde başlatılan linç kampanyasına ne yazık ki İnönü Üniversitesi de eklenmiştir. Malatyanın göz bebeği olması gereken İnönü Üniversitesi, yıllardır temel sorunlarının çözümü için bile destek alamadığı siyasi çevrelerce hedef alınmıştır.
Üniversitelerin vazgeçilmez özeliği olan özerklik, bilimsel ortamın oluşmasında ve üniversitelerin kurumsallaşmasında büyük rol oynar. Üniversitelerden rahatsız olanlar aynı zamanda bilimden ve bilimsel düşünceden de rahatsızlık duyarlar. Bilim özgür ortamlarda gelişir. Bilim, iklimini bulamadığı zaman yok olur, yerini bağnazlık, tutuculuk alır. Bilimi besleyen damarları kesen toplumlar, Ortaçağ karanlığına geri dönmeyi göze almalıdırlar. Oysa Türkiye Cumhuriyeti Devleti ve halkımız bilimin ışığında yürümeyi temel ilke edinmiştir ve bundan vazgeçmeyecektir.
Cumhuriyetin eserleri olan üniversiteler, kısıtlı olanaklara karşın Anadolu kentlerinde başarılı olma mücadelesi vermektedir. Bu Cumhuriyet kurumları, güncel siyasetin dışında bırakılmalıdır. Küçük siyasi hesaplar için üniversitelerin saygınlığı zedelenmemelidir. Yıllardır bilinçli politikalarla sorunlar yumağı haline getirilip mali ve idari sorunlarla Türkiyede bilimsel çalışmaların önünde oluşturulan engeller bir an önce kaldırılmalıdır.
İnönü Üniversitesi üzerindeki siyasal baskı ve kısıtlamalar tüm Malatya kamuoyunun gözü önünde gerçekleşmektedir. Biz inanıyoruz ki Malatya kamuoyu, bu baskı ve kısıtlamaların yalnızca İnönü Üniversitesine değil doğrudan Malatyaya yönelik olduğunu da apaçık görmektedir.Beş yıl öncesine kadar şehirde adeta huzursuzluğun ve güvensizliğin kaynağı olan İnönü Üniversitesi, bugün bütün öğrencileri huzur içerisinde eğitim gören bir kurum haline gelmiştir. Bütün bunları akıl ve gönül gözüyle değerlendireceğini bildiğimiz Malatya kamuoyunu, baskılara ve kıt olanaklara karşın gelişmesini sürdürmekte olan Üniversitemize destek vermeye çağırıyoruz.
Asılsız iddialarla Üniversitemizin yıpratılmasının kimseye ama hiç kimseye faydası olmayacaktır. Malatyadaki huzuru bozmaktan ve bilimi besleyen damarları kesmekten çıkar umanlara karşı bilime ve İnönü Üniversitesine destek verdiğimizi tüm kamuoyuna duyuruyoruz."