1990lı yılların sonunda restorasyon çalışmalarına başlanan ve dönemin parası ile 610 milyar lira (610 bin TL) harcanarak restorasyonu tamamlanan tarihi Karakaş Konağı ikinci kez kaderine terkedildi.
Niyazi Mısri Caddesi üzerinde bulunan tarihi konağın kerpiç duvarları dökülmüş, camları kırılmış haldeki durumu çevre sakinlerinin tepkilerine neden oldu. Semt sakinlerinden bir esnaf Milyarlarca lira para harcadılar buraya, ama ne arayan var ne soran. Daha kış başlamadan kerpiç duvarlar dökülmeye başladı, sahipsizlikten camlar çerçeveler kırıldı. Devletimiz bu kadar zengin mi? Madem ki sahip olamayacaklar bu kadar parayı niye harcadılar? Yazık değil mi paralarımıza? Binanın dış görünüşü böyle acaba içi nasıl? diyerek tepkilerini dile getirdi.
Malatya merkez Niyazi Mısri Caddesi üzerinde bulunan ve Kültür ve Turizm Bakanlığı tarafından 2000 yılında restorasyonuna başlanılarak 2003 yılında kesin kabulü yapılan tarihi Karakaş Konağı'nın onarımı öncesinde hazırlanan projede, çatıya yer verilmemiş ve çatısız olarak 5 yıl atıl halde kalan ve yağışların etkisiyle önemli tahribatlara uğramıştı. Bu sürenin ardından daha fazla hasar görmemesi için, proje müellifinden izin alınarak yeniden çatı eklenmesi kararlaştırılan tarihi konak çatı yapıldıktan sonra da üçüncü kez kaderine terkedildi.
Tarihi konak için yetkililerin bir an önce harekete geçmesi istendi.