Fortis Türkiye Kupası'nda 2008-2009 sezonu grup maçlarının kura çekimi İstanbul'da yapıldı. Ataköy Olimpiyatevi'nde, Türkiye Futbol Federasyonu Genel Sekreteri Metin Kazancıoğlu, federasyon yetkilileri ve kulüp temsilcilerinin katılımıyla gerçekleştirildi.
Kupada grup müsabakaları 5'er takımdan oluşan 4 ayrı grupta, toplam 20 takım arasında oynanacak. Her takım 2'si iç saha, 2'si de dış sahada olmak üzere toplam 4 maç yapacak ve gruplarında ilk 2 sırayı alacak takımlar çeyrek finale yükselecek.
Kura çekimi sonunda, Malatyaspor'un da yeraldığı B grubu şöyle oluştu:
B GRUBU
Kayserispor, Galatasaray, Ankaraspor, Altay, Malatyaspor.
29 Ekim 2008 - 11 Ocak 2009 tarihleri arasında arasında oynanacak maçlar sonunda gruplarını ilk iki sıra tamamlayan takımlar çeyrek finale yükselmeye hak kazanacak.
2008-2009 Sezonu Fortis Türkiye Kupası maç programı:
(Maç tarihleri 2008/2009 sezon planlaması esaslarına göre belirtilmiştir. Kesin tarih ve saatleri TFF tarafından daha sonra duyurulacak)
29 Ekim 2008
Grup 1. Maçları
12 Kasım 2008
Grup 2. Maçları
28 Aralık 2008
Grup 3. Maçları
07 Ocak 2009
Grup 4. Maçları
11 Ocak 2009
Grup 5. Maçları
18 Ocak 2009
Çeyrek Final 1. Maçları
28 Ocak 2009
Çeyrek Final 2. Maçları
04 Mart 2009
Yarı Final 1. Maçları
22 Nisan 2009
Yarı Final 2. Maçları
13 Mayıs 2009
Final
Maç takvimi şöyle:
B GRUBU
Hafta
1. MÜSABAKA
2. MÜSABAKA
BAY TAKIM
1
KAYSERİSPOR - ALTAY
ANKARASPOR - GALATASARAY
MALATYASPOR
2
MALATYASPOR - ANKARASPOR
GALATASARAY - KAYSERİSPOR
ALTAY
3
ALTAY - GALATASARAY
KAYSERİSPOR - MALATYASPOR
ANKARASPOR
4
ANKARASPOR - KAYSERİSPOR
MALATYASPOR - ALTAY
GALATASARAY
5
GALATASARAY - MALATYASPOR
ALTAY - ANKARASPOR
KAYSERİSPOR