Yeni Cami'de, Vakıflarla belediyenin ortaklaşa projesi ile yapılması planlanan onarım ve çevre düzenlemesi, belediyenin projedeki kendi sorumluluğundaki bölümü başlatamaması üzerine, 2005 yılı için ayrılan onarım bedelinin iptal edilmemesi için harekete geçen Vakıflar, "kısmi onarım" ihalesini yaptı ve Ramazan ayına rağmen, cami ibadete kapatılıp onarıma başlandı..
1999 yılında Malatya Belediyesi ve Vakıflar tarafından ortaklaşa hazırlanan bir projeyle; Yeni Cami çevre düzenlemesinin yapılması hedeflendi. Projenin uygulanması bu yıl gündeme gelirken, Malatya Belediyesi cami önündeki Soykan Parkı'nın yıkımını yaptı. Ancak, belediyenin sorumluluğundaki bu bölümle ilgili uygulama projesi ve ihale yapılmamış, parkın altındaki işyerlerinin tahliyesi gerçekleştirilememişti. Belediye, Ağustos ayında parkın hafriyatını yaparak, mahkemelik olan kiracılarına kararlılığını göstermek istemişti. Ancak, bunda başarılı olamayınca, projenin belediye sorumluluğundaki bölümü, parkın bulunduğu alanda büyükçe bir çukur açılması ve buranın otoparka dönüşmesiyle öylece kalakaldı.
Vakıflar ise, 1913 yılında yapılan caminin 698 metrekaresi kapalı alan olmak üzere toplam 2 bin 346 metrekare olan tüm alanı için projede öngörülen onarımı başlatmak üzere ihale yaptı. Vakıflar, bu yıl ihaleyi yapmasa, ihale için ayrılan para genel müdürlüğe iade edilecekti. Bu nedenle, ihale yapıldı ve 880 milyar liraya Kayseri'den Barut İnşaat firması ihaleyi kazandı.
İhalenin yapılmasının ardından, Ramazan ayına rağmen, Yeni Cami ibadete kapatıldı ve çalışmalara başlandı. Öncelikle caminin avlusunun ön kısmındaki umumi tuvaletler tamamen söküldü, avlu kazıldı. Bir yandan da kubbe kurşunları, kapı ve pencereler ile son cemaat yerinin büyük ölçüde yıpranmış olan tezyinatının onarımı çalışmalarına başlandığı bildirildi. Çalışmaların, Aralık ayı sonuna kadar tamamlanması planlanırken, caminin bu sürede ibadete açılamayacağı belirtildi.
Yetkililer, resmi kayıtlarda Hacı Yusuf Vakfı'na ait Taş Cami olarak geçen Yeni Cami'nin duvarlarındaki çatlakların onarımının Anıtlar Kurulu'nun "dikiş" diye bilinen yöntemle yapılmasına onay vermediğini, bu onarım çalışmasının daha sonra ayrı bir iş olarak, enjeksiyon yöntemiyle gerçekleştirilmesinin planlandığını bildirdiler.
